El oriundo de Angol, estuvo en la nómina de la Selección Sub 23 que obtuvo la medalla de bronce en Sidney 2000. También en el Mundial juvenil que se disputó en Argentina el 2001.
En el 2002, Herrera tuvo su primer gran desafío, dejar en el banco a un histórico azul: Sergio Bernabé Vargas. El técnico era el mismo que tanto lo conocía, Victor Castañeda, y el que le dio la confianza para quedarse con el puesto. Ese mismo año, César Vaccia, otro que lo conocía muy bien (jefe de las divisiones inferiores de Universidad de Chile hasta 1999), lo nominó a la Selección adulta para jugar un amistoso contra Turquía en Holanda. Fue su primera cita con su arco más esquivo.
En 2004 fue el año para Johhny, puesto que fue fundamental en la conquista del título azul en Calama frente a Cobreloa, tapando dos lanzamientos penales y convirtiendo el último que le daría la estrella número 12 a los azules.
El arquero de la "U" se perfilaba como sucesor natural de Nelson Tapia en el arco de la "Roja", siendo nominado en algunos partidos de las eliminatorias para Alemania 2006.
Justamente en el partido decisivo de ese proceso, cuando Chile visitaba a Colombia en Barranquilla y necesitaba un triunfo para tener opción, Nelson Tapia sufrió una lesión que lo dejó al margen. El medio periodistico apuntaba a Herrera como el reemplazante natural, por experiencia y recorrido, y se daba por hecho su titularidad.
Sin embargo, Nelson Acosta sorprendería a todos confirmando como arquero titular a Claudio Bravo, hasta ese momento el tercer portero de Chile. De hecho, en el documental "Ojos Rojos" que cuenta el camino de la Selección al Mundial de Sudáfrica, contiene mágenes que muestran a un Johnny incrédulo aguantando incluso una broma de Nelson Tapia sobre este tema.
Terminado el ciclo eliminatorio para el Mundial de Alemania, Acosta no lo llamó más, a pesar de que estaba en Corinthians.
Marcelo Bielsa asumió después de la magra Copa América de 2007 y nunca nominó a Johnny Herrera mientras estuvo a cargo de la "Roja".
Con Claudio Borghi no le fue mejor, es más, hubo intercambio de declaraciones donde el guardapalos criticó el no llamado de jugadores de la "U" de Sampaoli al seleccionado nacional.
La llegada de Jorge Sampaoli a Juan Pinto Durán le daba grandes posibilidades a Herrera para por fin quedarse con el arco de la Selección considerando el momento que atravesaba y los títulos que lo precedían -tres títulos nacionales y una sudamericana-. Bravo había sido muy criticado por su actuación en la Copa América 2011 y en algunos partidos del proceso rumbo a Brasil 2014, lo que alimentaba las esperanzas del angolino.
Johnny volvió a la Selección oficialmente luego de siete años de espera. Sin embargo, tuvo que aceptar que Sampaoli ratificara a Bravo como capitán y titular absoluto. Siguió trabajando, siendo el titular en varios amistosos de la "Roja", entre los que destaca el encuentro frente a Alemania.
Este martes, lo más probable es que Johnny Herrera, de 33 años, vuelva a ponerse bajo los tres palos frente a Haití defendiendo el arco que le ha sido el más esquivo.